Basic usage

With Docker

Whithout Docker

Setup reference data

Core genome

VFDB database

Advanced usage

change snp caller

perform snp calling complete genome

perform snp calling on other reference than the pre-defined reference

use custom virulence database

Dev

report

https://github.com/pnnl/hundo/blob/master/hundo/scripts/build_report.py

https://pnnl.github.io/hundo/

Gestion des différents types de références

cgMLST

Le cgMLST est un sous ensemble d'une autre référence. Il faut faire bien attention à ne pas appliquer certaines règles à cette référence mais à récupérer les données obtenues sur le génome complet.

Rapport: par ex pas de multiqc pour la référence cgMLST, il faut rapporter le rapport obtenu sur le génome complet.

Possibilités de résolution:

1. faire une fonction avec conditions pour générer la liste des output adéquate:

 1def get_indel_file_list(sample_list, reference_genomes):
 2    "report/indel/79781/bwa/TATRas-control.html"
 3    pairs = list(itertools.product(reference_genomes, sample_list))
 4    all_outputs = []
 5    for pair in pairs:
 6        pair = list(pair)
 7        if pair[0] == 'cgMLST':
 8            continue
 9        path = "report/indel/%s/bwa/%s.html" % (pair[0], pair[1])
10        all_outputs.append(path)
11    return all_outputs

2. opérer des filtre dans un expand:

1multiqc_mapping_list = expand("report/multiqc_mapping_to_{reference}/bwa/multiqc_report.html", reference=[i for i in reference_genomes_dir if i != "cgMLST"] + [str(all_core_genome_dbs.loc[species, "ReferenceGenome"])]),

Diag pipeline

Contents