Difference between revisions of "Diag pipeline"
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https://pnnl.github.io/hundo/ | https://pnnl.github.io/hundo/ | ||
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| + | Rapport: par ex pas de multiqc pour la référence cgMLST, il faut rapporter le rapport obtenu sur le génome complet. | ||
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| + | 1. faire une fonction avec conditions pour générer la liste des output adéquate: | ||
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| + | def get_indel_file_list(sample_list, reference_genomes): | ||
| + | "report/indel/79781/bwa/TATRas-control.html" | ||
| + | pairs = list(itertools.product(reference_genomes, sample_list)) | ||
| + | all_outputs = [] | ||
| + | for pair in pairs: | ||
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| + | if pair[0] == 'cgMLST': | ||
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| + | path = "report/indel/%s/bwa/%s.html" % (pair[0], pair[1]) | ||
| + | all_outputs.append(path) | ||
| + | return all_outputs | ||
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| + | 2. opérer des filtre dans un expand: | ||
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| + | multiqc_mapping_list = expand("report/multiqc_mapping_to_{reference}/bwa/multiqc_report.html", reference=[i for i in reference_genomes_dir if i != "cgMLST"] + [str(all_core_genome_dbs.loc[species, "ReferenceGenome"])]), | ||
Revision as of 14:37, 29 November 2018
Basic usage
With Docker
Whithout Docker
Setup reference data
Core genome
VFDB database
Advanced usage
change snp caller
perform snp calling complete genome
perform snp calling on other reference than the pre-defined reference
use custom virulence database
Dev
report
https://github.com/pnnl/hundo/blob/master/hundo/scripts/build_report.py
Gestion des différents types de références
cgMLST
Le cgMLST est un sous ensemble d'une autre référence. Il faut faire bien attention à ne pas appliquer certaines règles à cette référence mais à récupérer les données obtenues sur le génome complet.
Rapport: par ex pas de multiqc pour la référence cgMLST, il faut rapporter le rapport obtenu sur le génome complet.
Possibilités de résolution:
1. faire une fonction avec conditions pour générer la liste des output adéquate:
def get_indel_file_list(sample_list, reference_genomes):
"report/indel/79781/bwa/TATRas-control.html"
pairs = list(itertools.product(reference_genomes, sample_list))
all_outputs = []
for pair in pairs:
pair = list(pair)
if pair[0] == 'cgMLST':
continue
path = "report/indel/%s/bwa/%s.html" % (pair[0], pair[1])
all_outputs.append(path)
return all_outputs
2. opérer des filtre dans un expand:
multiqc_mapping_list = expand("report/multiqc_mapping_to_{reference}/bwa/multiqc_report.html", reference=[i for i in reference_genomes_dir if i != "cgMLST"] + [str(all_core_genome_dbs.loc[species, "ReferenceGenome"])]),