www.wiki.chlamdb.ch - User contributions [en]

CHUV

2018-12-06T14:48:09Z

Master student: /* Printer configuration */

== Quotas servers CHUV: Nagios - Stockage disques réseau et visualisation des quotas ==

* http://tribu.intranet.chuv/content_details.htm?cid=21596
* http://nagios/nasmon/filearc.html

== Remmina configuration ==

* server: mesApplis2.chuv.ch
* domain: intranet

== Printer configuration ==

* URI: smb://prts6.intranet.chuv/LRG04374
* Model: Ricoh Aficio MP C305 PS

== Printer configuration ==

== connexion ssh ==

On ne peut se connecter qu'avec le port bureau distant: 3389

Si on veut pouvoir l'utiliser pour le SSH, il vaut configurer le poste HOS pour qu'il écoute sur le port 3389. A ajouter dans le fichier: /ect/ssh/sshd_config.
Puis il faut éditer le fichier config /etc/xrdp/xrdp.ini pour lui dire d'écouter soit sur le port 3390 (passage par ssh) soit directement sur le port 3389 (mais dans ce cas pas possible de faire du ssh en même temps).

Une fois en place, lancer le serveur x11vnc sur le port 5901 (default en principe)

Pour faire passer rdp par le ssh, il faut mettre en place un tunnel:

ssh tpillone@155.105.139.122 -p 3389 -f -L5559:127.0.0.1:5901 "sleep 100000000000000"

CHUV

2018-12-06T14:47:54Z

Master student:

== Quotas servers CHUV: Nagios - Stockage disques réseau et visualisation des quotas ==

* http://tribu.intranet.chuv/content_details.htm?cid=21596
* http://nagios/nasmon/filearc.html

== Remmina configuration ==

* server: mesApplis2.chuv.ch
* domain: intranet

== Printer configuration ==

* URI: smb://prts6.intranet.chuv/LRG04374
* Model: Ricoh Aficio MP C305 PS

== Printer configuration ==

connexion ssh

On ne peut se connecter qu'avec le port bureau distant: 3389

Si on veut pouvoir l'utiliser pour le SSH, il vaut configurer le poste HOS pour qu'il écoute sur le port 3389. A ajouter dans le fichier: /ect/ssh/sshd_config.
Puis il faut éditer le fichier config /etc/xrdp/xrdp.ini pour lui dire d'écouter soit sur le port 3390 (passage par ssh) soit directement sur le port 3389 (mais dans ce cas pas possible de faire du ssh en même temps).

Une fois en place, lancer le serveur x11vnc sur le port 5901 (default en principe)

Pour faire passer rdp par le ssh, il faut mettre en place un tunnel:

ssh tpillone@155.105.139.122 -p 3389 -f -L5559:127.0.0.1:5901 "sleep 100000000000000"

Index

2018-11-30T08:45:21Z

Master student:

[[Build a core-genome phylogeny]]

[[Long read sequencing]]

MediaWiki

2018-11-30T08:44:48Z

Master student: /* side bar = */

= side bar =

https://www.wiki.chlamdb.ch/index.php?title=MediaWiki:Sidebar

= block access to non-logged users =

Linux

2018-11-13T20:29:31Z

Master student:

== user/groups ==

=== create group and add users to the group ===

<syntaxhighlight lang="Bash" line='line'>
sudo groupadd metagenlab

# a: append
# G: group
sudo usermod -a -G <group> <user>
</syntaxhighlight>

* group file conf
<syntaxhighlight lang="Bash" line='line'>
cat /etc/group
</syntaxhighlight>

== HDD ==

* liste des disques

<syntaxhighlight lang="Bash" line='line'>
lsblk -io KNAME,TYPE,SIZE,MODEL
</syntaxhighlight>

== utilisation des diques ==

<syntaxhighlight lang="Bash" line='line'>
df -h
</syntaxhighlight>

== Docker ==

* ubuntu network access problem

<syntaxhighlight lang="Bash" line='line'>
sudo mv /etc/resolv.conf{,.bak}
sudo ln -s /etc/resolv.conf /run/systemd/resolve/resolv.conf
</syntaxhighlight>

== Atom setup ==

* [https://jstaf.github.io/2018/03/25/atom-ide.html atom - ipython - Hydrogen package]

== NextFlow ==

=== Relauch killed jobs with increased ressources ===

<syntaxhighlight line='line'>
process foo {

memory { 2.GB * task.attempt }
time { 1.hour * task.attempt }

errorStrategy { task.exitStatus == 140 ? 'retry' : 'terminate' }
maxRetries 3

script:
<your job here>

}
</syntaxhighlight>

=== split input into chunks ===

<syntaxhighlight line='line'>
channel.buffer(size:3)
</syntaxhighlight>
=== group channel output into a single list ===

<syntaxhighlight line='line'>
query = Channel.fromPath '*.fa'
species = Channel.from 'human', 'cow', 'horse'

process blast {

input:
val species
file query

output:
set val(species), file('result') into blastOuts

"blast -db nr -query $query" > result

}
</syntaxhighlight>

In the above example a BLAST task is executed for each pair of species and query that are received. When the task completes a new tuple containing the value for species and the file result is sent to the blastOuts channel.

Linux

2018-11-13T20:29:07Z

Master student:

Linux

2018-11-13T20:21:06Z

Master student:

Linux

2018-11-13T20:19:55Z

Master student:

CHUV

2018-11-07T10:03:27Z

Master student:

CHUV

2018-11-07T09:36:42Z

Master student: